前作の最終回で爆発したエイリアン・マシンからクォンタムサージというエネルギー波が発生し、それを浴びたビースト戦士はトランスメタルスへと進化し、殉職したコンボイもスパークを新たなボディに移し替えられたことで復活を果たした。
戦いの最中、惑星エネルゴアは太古の地球であったことが判明。
メガトロンの真の目的は歴史の改変であった。
先祖たちの眠る太古の地球を舞台としたサイバトロンとデストロンのビーストウォーズはより加速していく。